Sebelum terbentuknya MAN Insan Cendekia (MAN IC) berawal atas kebutuhan sumberdaya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketaqwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT (Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi) membentuk STEP (Science and Teknology Equity Program). Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah dilingkungan pesantren. Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama Sekolah Menengah Umum (SMU) Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong (Banten) dan Gorontalo.Rancangan model pendidikan STEP mengambil filosofi magnet school. 

shape

Lembaga pendidikan ini mampu menarik sekolah sekitarnya untuk terpacu dalam prestasi dan menyiapkan calon pemimpin masa depan bangsa . Program SMU Insan Cendekia secara sadar dibangun karena dorongan kebutuhan ideal, yaitu ingin menghasilkan lulusan pendidikan tingkat menengah berbasis ke-Islaman yang kuat di bidang Iman dan Takwa (IMTAK), akhlak mulia, ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), dan seni budaya, untuk menjawab tantangan yang dihadapi masyarakat dewasa ini. Program SMU Insan Cendekia ingin mencapai produks pendidikan keseimbangan yang unggul, perpaduan antara kecerdasan intelektual, emosional, spiritual, social dan kultural dengan model berasrama (boarding school).

Perkembangan selanjutnya, dengan pertimbangan agar teknik pengelolaan dapat berkesinambungan, maka pada tahun 2000, BPPT melimpahkan menejerial SMU Insan Cendekia ke Departemen Agama RI. Walaupun alih tata kelola dengan mengubah nama SMU menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia, namun ciri dan karakter pendidikan STEP tetap melekat dan tidak berubah. Untuk memperluas semangat Insan Cendekia, pemerintah melalui Kementerian Agama RI selanjutnya mendirikan Delapan MAN Insan Cendekia yang merupakan replikasi MAN Insan Cendekia yang sudah ada yaitu di Serpong, Gorontalo dan Jambi. Dan pada tahun 2013, Kabupaten Lombok Timur merupakan salah satu lokasi yang dibangun MAN IC dengan lahan seluas 5,7 Ha yang merupakan HIBAH dari Pemerintah Kabupaten Lombok Timur yang saat ini sedang dalam proses pembangunan fisik.

MAN IC Lombok Timur merupakan unit pelaksana teknis bidang pendidikan berbentuk satuan pendidikan madrasah jenjang pendidikan menengah pada jalur pendidikan formal pada Kementerian Agama yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Pendidikan Islam. MAN Insan Cendekia Lombok Timur dibangun atas kerjasama yang baik antara Pemerintah Lombok Timur, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Barat dan Kementerian Agama RI. Lokasi MAN Insan Cendekia berada di Jalan Soekarno-Hatta – Dusun Kenaot Baru Desa Swaangi Timur Kecamatan Sakra Timur Kabupaten Lombok Timur Nusa Tenggara Barat. Pada tahap awal pembangunan dan pengelolaan Kampus MAN IC Lombok Timur tersebut ditetapkan perjanjian, bahwa pemerintah Kabupaten Lombok Timurmemiliki kewajiban menyediakan lahan dan pematangan lahan, menyediakan infrastruktur jalan, listrik, dan sarana air bersih. Pihak Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Barat mempunyai kewajiban menyeleksi tenaga kependidikan dan mengawal pembangunan fisik. Sementara dari Kementerian Agama Pusat menyediakan dana pembangunan fisik serta menyeleksi tenaga pendidik.

Oprasional pertama penerimaan peserta didik baru MAN IC Lombok Timur dimulai pada Tahun Pembelajaran 2017 /2018. MAN Insan Cendekia Lombok diresmikan berdirinya sesuai dengan SK menteri Agama Republik Indonesia Nomor 744 pada tanggal 2 Oktober 2017 bersama 13 MAN IC seluruh Indonesia yang lain. Pada tahun pertama operasional MAN IC Lombok Timur Tahun Pembelajaran 2017/2018 membuka dua program jurusan yaitu Program MIA/IPA dan IS/IPS dengan 4 jumlah rombongan kelas dan 96 orang peserta didik. Sebagai Kepala MAN IC Lombok Timur yang pertama adalah H. AozarZawa, M.Ed.